الوظائف شوندروتن على تعتمد إلى حد كبير على خصائص بروتيوغليكان الشاملة التي جزء. يمكن تقسيم هذه المهام إلى الأدوار الهيكلية والتنظيمية. بيد أن هذا التقسيم ليس مطلقا، وبعض بروتيوجليكانس بأدوار كل من الهيكلية والتنظيمية (انظر فيرسيكان).
كبريتات شوندروتن عنصرا رئيسيا من المصفوفة خارج الخلية، ومن المهم في المحافظة على سلامة الأنسجة الهيكلية. هذه الوظيفة نموذجية من بروتيوجليكانس تجميع كبيرة: أجريكان، فيرسيكان، بريفيكان، ونوركان، يطلق عليها اسم جماعي في ليكتيكانس.
كجزء من أجريكان، كبريتات شوندروتن عنصرا رئيسيا من الغضروف. إنشاء مجموعات معبأة بشكل محكم ومشحونة كبريتات شوندروتن سلفات التنافر الكهربائي التي توفر قدرا كبيرا من مقاومة الغضروف لضغط. خسارة كبريتات شوندروتن من الغضروف سبب رئيسي لهشاشة العظام.